Accueil Contrôle du Crédit d’Impôt Recherche (CIR) : ce qu’il faut savoir
Contrôle du CIR : tout ce qu'il faut savoir
Le contrôle du CIR : comment ça fonctionne ?
Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est un dispositif fiscal clé. En tant que tel, il est strictement encadré par la réglementation et peut faire l’objet de contrôles menés par l’administration.
Afin de limiter les risques de redressement et d’aborder sereinement un éventuel contrôle, il est essentiel de bien préparer son dossier et se faire accompagner par des experts. Chez F.initiatives, nous sommes là pour vous épauler tout au long de votre demande de CIR.
F.initiatives décrypte pour vous les points clés à connaître en matière de contrôle du CIR.
Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR), c'est quoi ?
Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est un dispositif fiscal qui vise à soutenir les activités de R&D des entreprises. Il est encadré par l’article 244 quarter B du CGI, le BOFiP et le Guide CIR.
Calculé à partir des dépenses engagées par l’entreprise dans le cadre des travaux de recherche, l’administration peut être amenée à contrôler l’éligibilité et le montant des dépenses retenues.
Garant du civisme fiscal, le contrôle fiscal exercé par les services de la direction générale des finances publiques (DGFiP) a vocation à appréhender l’ensemble des manquements à la législation fiscale, qu’ils soient commis de bonne foi ou de manière délibérée.
Note direction générale des finances publiques – version juin 2014
Quelles sont les administrations à l'initiative d'un contrôle ?
L’administration fiscale et le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR) peuvent être à l’initiative de contrôles du CIR.
Administration fiscale
Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche
Il s’agit de la Direction Générale des Finances Publiques (DGFiP), rattachée au Ministère de l’Économie, des Finances et de l’Industrie et au Ministère chargé du Budget et des Comptes publics.
Elle assure le dialogue avec le contribuable via un interlocuteur fiscal unique dédié aux professionnels : le service des impôts des entreprises (SIE).
Il s’agit des experts scientifiques qui vont regarder les éléments techniques attendus, sur la base du guide CIR. Ils vont analyser les travaux décrits afin d’appréhender leur caractère scientifique.
Le MESR peut contrôler vos CIR soit à la demande d’un vérificateur, soit de son propre chef.
Qu'est-ce qui déclenche un contrôle fiscal ?
L’administration peut être amenée à vérifier la légitimité de la déclaration, via un contrôle :
- Dédié au CIR
- Lié à un contrôle fiscal portant sur le CIR, mais intégrant d’autres éléments de la déclaration (impôt sur les sociétés, TVA…)
Quatre types de contrôles
Contrôle CIR par le MESR
Sur sollicitation de l'administration fiscale, ou de sa propre initiative, le MESR est habilité à contrôler le CIR, mais pas à faire de redressement. Il apprécie le caractère scientifique des travaux de R&D.
Déroulement
Le MESR regarde :
- Si la déclaration spéciale n'a pas déjà été transmise au MESR
- Les documents spécifiques et techniques nécessaires à l'appréciation de l'éligibilité des opérations de R&D réalisées en interne dans le cadre d'une collaboration de recherche, ou confiées à un prestataire
- Les justificatifs relatifs aux personnes affectées aux projets de recherche déclarés (qualification, temps passé)
- Les documents fiscaux et comptables relatifs aux dépenses déclarées
Suite de la procédure
Réponse sous 30 jours (prorogation possible)
- Dans le cadre d'une impossibilité à mener l'expertise en raison d'éléments justificatifs insuffisants : une demande d'information complémentaire (DIC) peut être transmise.
- Dans le cadre d'une contrôle mené à terme : l'agent du MESR émet un avis positif ou négatif sur la réalité de l'affectation (il n'est pas compétent pour réaliser une procédure de rectification.
Contrôle sur pièces
Contrôle de l'ensemble des éléments de la déclaration du contribuable, il est souvent suivi d'une vérification de comptabilité.
Déroulement
Possibilité de demande de justifications et d'éclaircissements à l'occasion de ce contrôle par écrit ou par oral (dans ce dernier cas, le contribuable est convoqué dans ses bureaux).
Suite de la procédure
- Pas d'irrégularités : dossier classé
- Irrégularités : procédure de rectification
- Informations incomplètes : réalisation d'une vérification de comptabilité
Vérification de comptabilité
Une vérification complète de la comptabilité de l'entreprise peut être réalisée, ou bien uniquement des documents relatifs au CIR.
Déroulement
- Lieu de contrôle : sur place ou dans les locaux de l'administration
- Possibilité de recours hiérarchique (avec l'inspecteur principal, puis l'inspecteur divisionnaire si besoin)
Suite de la procédure
Réunion de synthèse non obligatoire, mais obligation d'indiquer le résultat de la vérification de comptabilité :
- Absence de redressement : avis d'absence de rectification
- Redressement envisagé : indication dans la proposition de rectification (PR)
Examen de comptabilité
Alternative à la vérification de comptabilité, il constitue une procédure de contrôle fiscal à distance, souvent moins intrusif et chronophage que la vérification de comptabilité.
Déroulement
Lieu de contrôle : dans les locaux de l'administration fiscale
Suite de la procédure
- Obligation pour l'administration fiscale d'indiquer le résultat de l'examen de comptabilité
- En cas de redressement envisagé, l'administration fiscale adressera une proposition de rectification (PR)
Procédure de redressement fiscal : la proposition de rectification (PR)
Les différentes étapes
En cas de redressement fiscal, la société reçoit une proposition de rectification (PR) partielle ou totale, c’est le début de la procédure du contradictoire.
- Réception de la PR
- Réponse à la PR (sous 30 jours, prorogation de 30 jours supplémentaires possible sur demande)
- Réponse aux observations du contribuable (sous 1 à 6 mois en pratique)
- Recours hiérarchiques / Comité consultatif CIR / Médiateur de Bercy
- Fin du contrôle fiscal
Une fois le contrôle fiscal terminé, c’est désormais la procédure contentieuse qui commence.
- Avis de mise en recouvrement
- Réclamation préalable
- Demande de renseignements
- Réponse à la réclamation
- Conciliation / Médiation
- Saisine du Tribunal administratif / Cours administrative d’appel / Conseil d’État
Le délai de prescription
Par principe, le droit de reprise de l’administration fiscale s’exerce jusqu’à la fin de la troisième année qui suit celle du dépôt du formulaire n° 2069-A-SD. Afin que le redressement puisse être valablement effectué, la proposition de rectification (PR) doit être notifiée dans ce délai.

N.B. Valable pour les entreprises clôturant leur exercice entre le 31/12 et le 31/08. Pour celles avec une clôture du 30/09 au 30/11, le délai de reprise est allongé d’un an.
L'accompagnement F.initiatives
Le Processus Consulting de F.initiatives propose, à chaque étape clé d’une mission CIR, des livrables types adaptés aux exigences de l’administration qui assurent une transparence et une traçabilité de bout en bout. L’utilisation de ces outils permet, du lancement de la mission jusqu’à sa clôture, de garantir une meilleure compréhension par vos soins du conseil apporté par F.initiatives.
Tous les éléments transmis par F.initiatives au cours de la mission ont pour objectif d’anticiper le contrôle par l’administration fiscale, en donnant de la visibilité sur les points forts et les axes d’amélioration de chaque déclaration de CIR. Nous vous assistons dans la préparation des dossiers justificatifs et nous vous apportons des conseils d’amélioration pour les années futures.
Le respect de ce processus permet de sécuriser au maximum votre déclaration de CIR, en fournissant une analyse éclairée sur chaque sujet abordé au cours de la mission, en termes d’éligibilité, de valorisation et de justification.
Les 5 piliers du contrôle fiscal
Sincérité
Échange
Transparence
Préparation
Anticipation
Notre réseau Initiative Network
F.initiatives s’appuie sur son réseau Initiative Network pour proposer à ses clients l’intervention des cabinets d’avocats EVERLAW & TAX (cabinet d’avocat en droit fiscal) et HATIER AVOCATS (cabinet d’avocats spécialisé dans le domaine de la propriété intellectuelle).
L’assistance d’un avocat peut vous permettre :
- De vous aider dans le cadre de la préparation du contrôle fiscal (audit des risques, préparation des dossiers…)
- De vous orienter sur la stratégie à adopter dans vos échanges avec l’administration fiscale
- D’apporter une expertise supplémentaire pour tout redressement portant sur des notions fiscales/comptables dépassant le simple cadre du CIR
- De maîtriser l’ensemble de la procédure et d’apporter la vision d’un avocat expert au cours des échanges avec l’administration fiscale
Notre guide du Contrôle Fiscal
Vous souhaitez en savoir davantage concernant le contrôle Fiscal dans le cadre du CIR et l’accompagnement F.initiatives ?
